Dans le cas où naît une dette douanière (par exemple, lorsque les marchandises ont disparu ou lorsque le principal obligé n’a pas rempli ses obligations), la procédure de recouvrement des droits de douane et des impositions applicable dans le cadre du transit communautaire (et, depuis peu, du transit commun) est prévue par le Code des douanes communautaire et son règlement d’application (voir n° 1-0110 et s.).
En règle générale, c’est le principal obligé qui est redevable de cette dette. Dans le cas où, à l’issue de la période prévue pour la période de recherche (en principe 10 mois), il n’est pas possible d’établir dans quel lieu la dette est exigible, c’est le bureau du pays de départ (ou de celui d’entrée) qui doit conduire la procédure de recouvrement auprès du débiteur ou de la caution.